Air Nostrum opera con los mayores estándares de calidad y seguridad, bajo la estricta norma europea JAR-OPS para operaciones y JAR-145 para mantenimiento de aeronaves. Además de cumplir otras muchas normativas y reglamentos, Air Nostrum dispone de su Departamento de Calidad Total para la vigilancia del conjunto de operaciones y prácticas de la empresa, y posee la certificación medioambiental ISO-14001 y la certificación de calidad ISO-9001.